Летом 2025 года в Новосибирске руководителям общины вынесли обвинительный приговор за психологическое насилие над адептами и причинение вреда их здоровью. По данным следствия, с начала 1990-х годов фигуранты выстроили в Красноярском крае систему извлечения прибыли за счет привлечения средств последователей и использования их бесплатного труда. Жертвами психологического воздействия стали десятки людей, включая несовершеннолетних.

Верхушку организации задержали в ходе спецоперации в 2020 году. Помимо статей о создании опасного объединения и причинении вреда здоровью (ст. 239, 111 и 112 УК РФ), руководителю частной школы «Исток» Владимиру Ведерникову доказали вину в мошенничестве на 5 млн рублей с областными субсидиями.

Ранее, в октябре 2022 года, Красноярский краевой суд запретил деятельность «Церкви последнего завета» на территории России. Организация была ликвидирована и исключена из Единого государственного реестра юридических лиц.