К числу рисков относится синдром отмены: резкое прекращение приема после длительного курса вызывает тревогу, бессонницу и тремор. Категорически запрещено сочетать валерьянку с алкоголем, что может привести к угнетению дыхания и внезапному засыпанию. Водителям следует проявлять осторожность, так как средство снижает концентрацию внимания. Препарат противопоказан при беременности, депрессии, клинической тревоге, энтероколите, болезни Крона и детям до 12 лет.

Сиворонов резюмировал, что валерьянка полезна при легких нарушениях сна курсом, но бесполезна при остром стрессе в малых дозах. Особую опасность представляет ее сочетание с алкоголем, варфарином и длительный бесконтрольный прием. В России валерьянка входит в Госреестр как лекарственное средство, тогда как в США и Европе она часто продается как БАД.